一番の変更点は、この3.4をもってPHP4への対応が終了すること。とは言っても本家のPHPもバージョン4のサポートを昨年で終了しているで当然の対応かと思います。それと自動保存機能が付いているそうです。実際、どんな挙動があるのか今のところ確認できていませんが、便利そうな機能ですね。

そのほか、いろいろと変更点が多数あるみたいですが、詳しくは以下をご覧ください。
http://docs.google.com/Doc?id=ddnmsq58_108jhtfwg3

アップグレードの方法はとても簡単です。以下の詳しくは以下のリンク先を見てもらったほうがいいですが、簡単にメモしておきます。
http://japan.nucleuscms.org/bb/viewtopic.php?p=24788

1. アップグレードスクリプトとアップグレード用のファイルをダウンロードして、解凍してアップグレードの準備は完了。あとそれから、念のためconfig.phpとかスキンとか、その他カスタマイズしたファイルはひとまず退避。
2. nucleusディレクトリの下にupgradesディレクトリ（アップグレードスクリプト）をアップロード。管理画面では「Risky・・・」ってでますけど、フロントエンドには影響ありません。そして、/nucleus/upgrades/index.phpに接続して、3.41用にDBをメンテナンスします。「データベースをメンテナンス」っていうリンクがあるので、これがクリックできなくなるまで、実行を繰り返します。ここではテーブルカラムの追加とかをしています。
3. それが終わったら、アップグレード用のファイルをNucleusのインストールディレクトリにアップロード（上書き）。nucleus/upgrades/は削除しておきましょう。

ということで、管理画面の見た目が若干変わってます。私のものでビフォー・アフターを見てみてください。ちなみに両者とも環境はことなります。

なんかちょっとオシャレになってますね。背景にグラデーションかかってたり。ただちょっと英字フォントが日本語フォントになってしまっているので、説得力がないなって印象ですね。