率直な感想を言うと、WordpressはNucleusよりもきれいな管理画面です。でも重たい。何の仕組みでここまで重くなっているのかはわかりませんが、とにかくページの表示に時間がかかりますね。
デフォルトで実装されている機能も多いみたいです。たとえば、トラックバックとかタグの機能（タグクラウドとか）も最近のバージョンでは持っているみたいです。

「えっ？　ブログのシステムだからトラックバックの機能は標準装備なのでは？」
実はNucleusにはトラックバックの機能は標準装備ではありません。プラグインで実現します。
私も今回調べていて知ったのですが、Nucleusはシンプルに作っているため、機能のほとんどはプラグインで実現できるような設計になっています。

デザインのカスタマイズに関しても、個人的な意見を言わせてもらえばNucleusのほうがいいのではないかと思います。
覚えるまでは若干難しく感じると思いますが、なれるとどうってことはありません。
WordpressにしてもNucleusにしても、独自のタグやPHPのコードが書いてあるという点では多少難しいのは否めないところ。どちらもパーツごと（ヘッダやサイドバー）といった感じでテンプレートは分離されていますが、Wordpressはこれらをget_sidebar()などの関数で読み込むのに対し、Nucleusは管理画面でページ単位で読み込むファイルを管理できます。つまり、sidebar1やsidebar2を作ってそれぞれのページで読み込ませることができます。

またWordpressでは1つのコアファイルで1つのブログしか立てれませんが、Nucleusは1つのコアファイルで複数のブログを立てられて、しかもデザインもそれぞれに設定できる。
これは同じサイト下に複数のデザインの違うブログを設置したい場合にはとても有効です。何しろ導入コストは削減削減できますし、管理も一本に絞れる。

データベースのつくりもわかりやすく、ブログ、記事、コメント、ユーザー、プラグインなど、わかりやすい構造となっているため、これを利用した独自のシステムを入れやすいのではないでしょうか。

オフィシャルサイトはどうなっているのかというと、これもNucleusに分があると思います。Wordpressの日本オフィシャルはどこにプラグインのページがあるのかさっぱりわかりませんでした。ようやくたどり着いたかと思えば、本家のサイト。日本のオフィシャルサイトにはないんですかね？

と、いつの間にかNucleusをヨイショするような内容になっていますが、Nucleusはブログだけでなく、サイト構築でもオススメできる優れたCMSだと思います。