まずnucleus/plugins/にNP_CK.phpというファイルを作りました。
中身はこんな感じです。（圧縮してます）

<?php
class NP_CK extends NucleusPlugin {
    function getName() {return 'NP_CK';}
    function getAuthor() {return 'Tom Goodsun';}
    function getURL() {return 'http://www.tom-gs.com/';}
    function getVersion() {return '1.0';}
    function getDescription() {return 'Plugin to implement CKEditor and CKFinder.';}
    function install() {/* Do nothing */}
    function getEventList() {return array('AdminPrePageHead');}
    function event_AdminPrePageHead(&$data){
        $action = $data['action'];
        $extrahead = "\n";
        if ($action == 'createitem' || $action == 'itemedit'){
            $extrahead .= '<!-- tom goodsun -->' . "\n";
            $extrahead .= '<script type="text/javascript" src="' . $this->getAdminURL(). 'ckeditor/nucleus.php"></script>' . "\n";
            $extrahead .= '<link type="text/css" rel="stylesheet" href="' . $this->getAdminURL(). 'ckeditor/nucleus.css" />' . "\n";
        }
        $data['extrahead'] .= $extrahead;
    }
}
?>

次にnucleus/plugins/にckというディレクトリを作りました。
その中にckeditorとckfinderというディレクトリを作りました。
公式サイトからパッケージをダウンロードして、解凍した中身をそれぞれのディレクトリに入れました。CKFinderはPHP版をダウンロードしました。

CKEditorの設定
上記プログラムのevent_AdminPrePageHead()という関数を見てもわかるとおりJavaScriptとして、nucleus.phpを読み込むことでCKEditorを実装します。

nucleus/plugins/ck/ckeditor/nucleus.phpの内容は以下の通り（JavaScriptもPHPが使えるっていう裏技（？）です）

<?php
// config.phpを使うと認証系とかもやってくれる
require('../../../../config.php');
if (!$member->isLoggedIn()) {exit('Not logged in.');}
$url = $member->getURL();
?>
var nucleusConfig = {
    toolbar: 'NP_CK',
    language: 'ja',
    toolbar_NP_CK : [/* ツールバーの設定は割愛（実際してます！） */],

    // CKFinder integrated code
    filebrowserBrowseUrl      : '<?php echo $url; ?>nucleus/plugins/ck/ckfinder/ckfinder.html',
    filebrowserImageBrowseUrl : '<?php echo $url; ?>nucleus/plugins/ck/ckfinder/ckfinder.html?Type=Images',
    filebrowserFlashBrowseUrl : '<?php echo $url; ?>nucleus/plugins/ck/ckfinder/ckfinder.html?Type=Flash',
    filebrowserUploadUrl      : '<?php echo $url; ?>nucleus/plugins/ck/ckfinder/core/connector/php/connector.php?command=QuickUpload&type=Files',
    filebrowserImageUploadUrl : '<?php echo $url; ?>nucleus/plugins/ck/ckfinder/core/connector/php/connector.php?command=QuickUpload&type=Images',
    filebrowserFlashUploadUrl : '<?php echo $url; ?>nucleus/plugins/ck/ckfinder/core/connector/php/connector.php?command=QuickUpload&type=Flash',
}

function createCkeditor(){
    CKEDITOR.replace('body', nucleusConfig); // 本文
    CKEDITOR.replace('more', nucleusConfig); // 本文の続き
}

if ( typeof console != 'undefined' ){console.log();}

if ( window.addEventListener ){
    window.addEventListener( 'load', createCkeditor, false );
}else if ( window.attachEvent ){
    window.attachEvent( 'onload', createCkeditor );
}

これでCKEditorの設定は終わり。CKEditorの設定でCKFinderの設定もしてしまったので、とっととCKFinderの設定もやっちゃいましょう。

CKFinderの設定
nucleus/plugins/ck/ckfinder/config.phpの設定を変えるだけです。
まずはNucleusを使う前提なので、プログラムの先頭に以下を追加。

require('../../../../../../../config.php');
if (!$member->isLoggedIn()) {exit('Not logged in.');}

CheckAuthentication()関数の戻り値はtrueにする。

function CheckAuthentication(){return true;}

$baseUrlの初期値を変更

$baseUrl = preg_replace('/(http|https):\/\/' . $_SERVER['SERVER_NAME'] . '/', '', $member->getURL() . 'media/');

$config['Thumbnails']はお好みの設定に。
enabledをtrueにするとサムネール表示ができる。

これで終わり。
あとはNucleusの管理画面からプラグインをインストールするだけ。

ちなみにCKFinderのブラウザ画面はNucleusのconfig.phpがインクルードされるので、認証エラーになっちゃうんですね。
問題点といえばレンタルサーバーだとサーバー変数が期待通りの値になっていないことがあるみたいなので、注意することぐらいですかね。