どうやって記述すればいいのか
どこにJavaScriptを書けばいいのか。
HTMLの基本ではHEADタグ内にSCRIPTタグを記述するということになっていますが、実際はどこにでもSCRIPTタグがかけてしまうのがHTMLです。O'REILLYのJavaScriptパターンによれば、これはまったくのアンチパターン・・・とのことです。
一番いいのはBODYの閉じタグ直前とのことです。
これにはいろいろ意味があると思うのですが、ひとつはタグの構造体がほぼ読み込まれてからブラウザがJavaScriptの解析をはじめるので、onloadイベントを使用せずに記述できるというのがあります。もう一つはブラウザはJavaScriptをファイルをHTMLとは別にと合わせるので、そのオーバーヘッドがHTMLよりあとになるということがあります。
特に問題がないのであればHEADタグ内に記述しても問題ないと思います。実際、私は未だにHEADタグ内に記述しています。
.jsファイルの問題
JavaScriptライブラリやプラグインを多用すると自然と読み込むjsファイルやCSSファイルは多くなります。これはウェブサーバーへの問い合わせを増やすだけなので、統合したほうがいいというのもO'REILLYのJavaScriptパターンの受け売りです。
これも特に問題がなければ統合したほうがいいでしょう。
そのほうがHTMLもスッキリします。まずJavaScriptやCSSファイルでサーバーのボトルネックになることは少ないでしょうが、、、
これは実はCSS Spriteという手法にも通ずる所があります。この手法もサーバーへのリクエスト減らして、画像のロードを1回で済ませてしまおうというとことにあります。
コードの圧縮
ライブラリやプラグインには圧縮版や「min」というキーワードがファイル名についているものが同梱している場合があります。
ミニファイ（minify）と呼ばれる技術ですが、これは処理速度を上げたり、コードをあえて見づらくする（難読化）というものです。
実際のところプログラマが見るには絶えないものです。インデントや改行というのは人間が見やすいようになっているので、必ずしも機械が処理しやすい形では無いのです。変数名ひとつとっても、機械にとって意味がわかりやすいとかどうでもいいことですからね。
だから変数名や関数名、引数名を短くしたり、改行やインデントを削除して、ブラウザが解析する手間を省くのです。
これはツールで提供されているので、興味がある方は調べてやってみてください。